Située sur un des chemins empruntés par les pèlerins qui traversaient nos petites Landes, par Bessaou, Lencouacq, Réaut puis Mont de Marsan avant de se diriger vers St Sever et Orthez, une commanderie a été fondée par l'Ordre des Hospitaliers, dans la seconde moitié du XVème siècle. Déjà citée en 1310, dans une bulle du pape Gaston V, la domus de Capite Cornali in Vasconia, adurcusis diocesés (maison religieuse de Capcournau en Gascogne, dans le diocèse d'Aire), elle n'avait jamais été localisée auparavant. Cette petite seigneurie ecclésiastique, placée sous la responsabilité d'un commandeur, avait son siège et sa chapelle dans la paroisse de Nonères (aujourd'hui quartier de Mont de Marsan). Depuis 1470, les noms des commandeurs sont connus ; ils sont parfois en même temps, membres d'autres commanderies situées jusque dans les diocèses de la région toulousaine. Ainsi Capcournau est rattachée à la commanderie de Morlaas et à celle de Caubins (située près d'Arthez de Béarn); c'est avec cette dernière que Constance de Marsan fille de Gaston VII de Béarn fonda la bastide de St Justin, en 1280.
Le domaine foncier de Capcournau est connu grâce aux redevances perçues, à la St Martind'hiver, pour ses exploitations agricoles et ses nombreuses maisons de Mont de Marsan (revendues plus tard à des marchands montois). Ces exploitations agricoles sont situées dans la paroisse de Nonères, mais aussi dans Campagne, Benquet et Lencouacq. Deux paroissiens de Lencouacq, Peyrot Dulon et Janot de Molier, reconnaissent en 1470, faire de fiu biu (bail à fief), 12 sous l'un et 18 sous l'autre pour des terres mitoyennes, vastes sans doute, confrontant le ruisseau de Lacabe, le camin romieu, la lane du commandeur de Bessaout et enfin la Gouaneyre. 400 ans après, les cartes de Cassini mentionnent le Grand et le Petit Moulié près de la Gouaneyre voisins de la Chapelle St Loup.
Mais, heureusement, le cadastre napoléonien de Lencouacq de 1812, pourtant plus tardif, révèle encore l'existence de la chapelle Ste Anne. Le culte de St Loup ou St Leu a remplacé celui de Ste Anne; la tradition rapporte que St Loup guérissait la pellagre.